交通工務局組織共分四層： 第一層：局長 第二層：副局長 第三層：主任秘書
第四層:共分六個科、三個室（公共工程科、養護工程科、交通管理科、交通建設科、道安及交工科、用地及行政科、人事室、會計室、政風室）
